1956 yılında İskenderun’da doğdu. İlk, orta ve lise tahsilini bu şehirde yaptıktan sonra girdiği İstanbul Tıp Fakültesi’nden 1980’de mezun olarak doktor oldu. Ardından aynı fakültenin psikiyatri kliniğinde uzmanlık eğitimine başladı ve 1984 yılında psikiyatri uzmanı ünvanını aldı. KKTC Girne’deki yedek subaylık görevinden sonra 1985’te Bakırköy Ruh ve Sinir Hastalıkları Hastanesi’nde çalışmaya başladı. 1990’da psikiyatri şef muavini, 1991’de İstanbul Tıp Fakültesinde girdiği sınavla psikiyatri doçenti oldu. 1992’de psikiyatri klinik şefi olarak Vakıf Gureba Hastanesinde göreve başladı. Halen bu görevini sürdürmektedir.
2009 yılında Profesörlüğe yükseldi.
Profesör Saygılı, 1988-1998 yılları arasında Zaman Gazetesinin sağlık köşesini idare etmiştir. 1989 yılında seçildiği Yeşilay Genel Başkan Yardımcılığı görevini de halen sürdürmektedir.
“Doktorunuz Diyor ki”, “Dengeli Beslenme Sağlıklı Zayıflama”, “Annemi İstiyorum”, “Babacığım Neredesin?”, “Sağlık Bilinci”, “Dünyayı Aldatanlar”, “Ayhan Songar”, “Mazhar Osman”, “Evlilikte Mutluluk Sanatı”, “Gerçeği Arayanlar”, “Strese Son”, “Beyin ve Ruh”, “Mutluluk Elimizde”, Hakikati Arayanlar, Gıda Rehberi adlı kitapları yayınlanmış olan Prof. Dr. Sefa Saygılı aynı zamanda Doç. Dr. Ahmet Yıldızhan’la birlikte ayda bir yayınlanan popüler “Sağlığınız” adlı sağlık dergisini 2 yıl çıkarmıştır. Elliden fazla bilimsel makalesi olan Saygılı, ayrıca aylık “Eğitim ve Bilim” dergisinin yayın danışmanıdır.
Evli, 2 çocuk babasıdır.