1960 yılında Tekirdağ’da doğdu. Müziğe 11 yaşında mandolin çalarak başladı. 12 yaşından itibaren, başta çocuk şarkıları, çeşitli saz eserleri olmak üzere çeşitli formlarda besteler yaptı, yapmaya devam ediyor. Konservatuarın ilk yılında bestelediği Sabâ makâmında bir mevlevî âyini denemesi bulunuyor. İTÜ Türk Müziği Devlet Konservatuarı’nı bitirdi. Burada Prof. Yalçın Tura, merhum Nîdâ Tüfekçi, merhum Hurşit Ungay, merhum Fikret Kutluğ, Faris Akarsu, merhum Prof. Dr. Selâhaddin İçli, Tülin Yakarçelik, İnci Çayırlı gibi hocaların talebesi oldu. Raffi Arslanyan’dan Klasik Gitar ve merhum Fikret Kutluğ’dan Kânun eğitimi aldı.1987-1990 yılları arasında Marmara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü’nde İslâm Felsefesi alanında yüksek lisans yaptı. Burada Prof. Dr. Mustafa Tahralı ve Prof. Dr. Bekir Karlıga danışmanlığında “İhvân-ı Safâ’da Müzik Düşüncesi” başlıklı yüksek lisans tezini hazırladı. 1994 yılında 100. Yıl Üniversitesi Müzik Bölümü’nün kuruluşuna katkı sağladı ve bir süre araştırma görevlisi olarak çalıştı. Aynı süreç içinde İTÜ Sosyal Bilimler Enstitüsü’nde Türk Mûsikîsi alanında doktora/sanatta yeterlik yaptı ve buna paralel olarak Mimar Sinan Üniversitesi Sosyoloji Bölümü'nde Prof. Dr. Ömer Naci Soykan'ın yanında "Sosyoloji/Müzik Sosyolojisi" alanında, yine aynı süreçte Mimar Sinan Üniversitesi Devlet Konservatuarı bünyesinde Prof. Ahmet Yürür ile "Geleneksel Müzikler / Hind Müziği" alanlarında doktora/sanatta yeterlik eğitimini, Prof. Dr. Nevzad Atlığ ve Prof. Dr. Mustafa Tahralı danışmanlığında hazırladığı “Mevlevilikte Müzik Felsefesi” konulu tezle 2000 yılında tamamladı. Bu süreçte merhum Bekir Sıdkı Sezgin ile “Dînî Mûsikî” çalıştı ve talebesi oldu. Süleyman Erguner'in Ney ve merhum Cinuçen Tanrıkorur'un Ud talebesi oldu.
2005-2010 yılları arasında beş yıl boyunca Cemal Reşit Rey Konser Salonu Genel Sanat Yönetmenliği görevini yürüten Doç. Dr. Yalçın Çetinkaya, bu süreçte salona “Yılın En İyi Müzik Etkinlikleri” ödülünü ve “Nuri İyicil Uluslararası Keman Yarışması Jüri Özel Ödülü’nü kazandırdı, Haliç Üniversitesi Konservatuarı’nda öğretim üyesi ve İstanbul Üniversitesi Devlet Konservatuarı’nda öğretim görevlisi olarak dersler verdi. Halen İTÜ Türk Musikîsi Devlet Konservatuarı Müzikoloji Bölümü’nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. Yalçın Çetinkaya, 1997 yılında Memleket Meseleleri başlıklı röportajlarıyla, Yazarlar Birliği Röportaj Ödülü’ne lâyık görüldü. Reklâmcılık ve Manipülasyon (Ağaç Yayınları, 1991), İhvân-ı Safâ’da Müzik Düşüncesi (İnsan Yayınları 1995), Memleket Meseleleri (Kaknüs Yayınları 1999) ve Müzik Yazıları (Kaknüs Yayınları 1999) adlı yayınlanmış dört kitabı bulunuyor.