26. Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ, katıldığı bir televizyon programında, "FETÖ'nün siyasi ayağı yok dersek gerçeği inkâr olur. Bunu yargının ortaya çıkarması ve siyasi iradenin ağırlığını koyması lâzım. 25 Haziran 2009'u 26'sına bağlayan gece yarısı TSK ile ilgili bir yasa geçiyor. Böylece askeri şahısların askeri mahalde işlediği suçlar da dahil özel yetkili mahkemelerde yargılanmasının önü açılıyor. Bu bir kere anayasaya aykırı... Bu yasa teklifini kim hazırladı? Tamamen FETÖ ile ilgili... Bu araştırılsın." dedi.
Türk Silahlı Kuvvetleri'ne Ergenekon, Balyoz ve Askeri Casusluk kumpaslarının kurulabilmesi, gece yarısı geçen bu yasa ile mümkün oldu. Sonradan, TSK'ya "kumpas" kurulduğunu AKP sözcüsü Ömer Çelik söylemişti.