Ankara Ticaret Odası Başkanı olduğu zamanlarda bir siyasi parti lideri gibi muhalefet ederdi.
Özellikle toprak satışı konusunda ciddi eleştirileri vardı. Başkanı olduğu ATO'nun hazırladığı raporların çoğunda AK Parti'nin yaptığı işler hedef alınıyordu.
Ancak bu muhalefet günden güne azaldı.
İktidarın onayı, Gülen yapılanmasının operasyonuyla gerçekleştirilen "Ergenekon Davası"nda Sinan Aygün de gözaltına alındı. Evinde yapılan aramalarda 2.5 milyon Euro bulundu. Bu para o dönem epey konuşulmuştu. Aygün, daha sonrasında paranın kendisine ait olduğunu ispatlamış ve geri almıştı. Kısa bir süre de tutuklu olarak kalmıştı.