Bardakoğlu yaklaşık 7 yıl görevinin başında kalırken; Cuma hutbelerine siyaset sokulmadı, FETÖ'nün Diyanet içindeki faaliyetleri konuşulmadı, Diyanet'in kurum kültürü zor da olsa korundu.
Ancak bu durum hükümeti rahatsız ediyordu. Bardakoğlu, Diyanet'in Cumhuriyet'in bir kurumu olduğu ve liyakat sisteminin bozulmaması gerektiği üzerindeki ısrarı AK Parti'den tepkiyle karşılanıyordu. "Bizim zor günlerimizde siz olmayacaksanız ne anlamınız kalıyor, bizi buraya halk seçti, getirdi, sizin de destek vermeniz gerekiyor" gibi baskılar Bardakoğlu'nu bunaltmıştı.
O günlerde, Mustafa Kemal Atatürk'e yönelik algı operasyonları da devam ediyordu.
Bardakoğlu, "Atatürk'ün Diyanet İşleri Başkanlığı'na verdiği önemi ve itibarı bugüne kadar hiçbir zaman görmedik. O yüzden resepsiyonlara katılmayı uygun görmüyorum.