AK Parti hükümetinin iktidara gelme sürecinde üniversite önlerindeki türban eylemleri oldukça yaygındı. Üniversiteye giremeyen genç kızlar, baş örtüsü serbestliği talep ederek kendilerini birbirlerine zincirleyen eylemler gerçekleştiriyordu.
Kamu kurum ve kuruluşlarında 28 Şubat sonrasında laiklik ilkesinin yanlış yorumlanması binlerce mağdur oluşturmuştu. Siyasi anlamda da bu kesimin önü kesildiği için Siyasal İslam tarikat ve cemaatler üzerinden kendine yeni güç alanları oluşturdu.
Ancak siyasi açmaz bir türlü çözülemiyordu. Necmettin Erbakan'ın Refah Partisi isim değiştirerek Fazilet Partisi olarak yoluna devam etmek zorunda kalıyordu. Bu sırada parti içinde de ciddi bir çekişme başlamıştı. "Hoca"ya meydan okuyan bir grup vardı. Basının da sürece dahil olmasıyla Siyasal İslam artık iki temel gruptu; bir tarafta Erbakan'ın çizgisini temsil eden "gelenekçi"ler, diğer tarafta Erdoğan ve Gül'ü takip eden "yenilikçi"ler. Erbakan bu meydan okumayı yaşamının sonuna dek hiçbir zaman kabul edemedi. Yenilikçi grubu ve AK Parti'yi hainlikle suçladı.
Yenilikçi grubun en önemli farklarından biri Batı'ya mesafe koymamasıydı. AB'ye üyelik önemli bir hedefti. Erbakan'ın Arap ülkeleri ile iş birliği ve sermaye akışı içinde geliştirdiği ilişkilerini, Erdoğan ve Gül reddetmiyor "yakın ilişkilere" ABD ve AB'yi de ekliyordu. Bu durum arkalarına büyük bir medya ve STK desteğini almalarına imkân sağladı.
Yenilikçi grup AB'ye her zaman sıcak mesajlar verdi. Parti içindeki kavga gelenekçilerin kazanmasıyla son bulsa da Siyasal İslam artık yoluna iki ayrı bir parti olarak devam edecekti. AK Parti de bu sürecin sonunda ortaya çıkmıştı. İktidara gelmeleri öncesi ve ilk yıllarında ılımlıydılar. Sonrasında işler tamamen değişti.
Siyasal İslam'ın iktidara gelmesinde sembolleşen üniversitelerde önemli değişimler oldu. İlk olarak baş örtüsü serbestisi sağlandı. Sonrasında tarikat ve cemaatlerin kadrolaşma süreci başladı ve en nihayetinde rektörlerin seçimlere bile girmeden siyasi iktidara "biat" ettikleri ölçüde atanması dönemine girildi.