Cumhurbaşkanı olarak Atina’ya gitmeden bir gün önce Erdoğan’ın, bir Yunan televizyonuna “Lozan Anlaşması güncellenmelidir” sözleri üzerine, Yunanistan Cumhurbaşkanı Prokopis Pavlopulos’un ziyarette “Lozan’da güncellemeye gerek yok” ifâdesine, “Batı Trakya’daki Müslümanların baş müftülerini hâlâ seçememesi” konusu başta olmak üzere Müslüman Türk toplumun haklarına dair “Lozan’da zannediyorum hâlâ anlaşılmayan bazı incelikler var. Nasıl oluyor da Lozan uygulamada diyorsunuz; demek ki Lozan uygulamada değil” tepkisi damgasını vurdu.
Keza Pavlopulos’un “Lozan Anlaşması, reform edilecek bir sözleşme değil. Lozan gereğince Yunanistan’da yaşayan Müslüman dinî azınlığa bir hukuk devleti olarak tüm haklarını öngörüldüğü şekilde korumaktadır” sözlerine, Erdoğan’ın “AİHM’de ‘Türk’ kelimesinin de geçtiği”ni nazara verip, “Batı Trakya’da yaşayan Müslümanlar inandıklarını Lozan’a göre yaşayabiliyorlar mı?” sorusuyla, “Batı Trakya’da yaşayan ne yazık ki Müslümanlar kendi seçtikleriyle değil, atanan bir baş müftüyle yönetiliyor” eleştirisiyle görüşmeler bir nevi “Lozan tartışması”na dönüştü.