Harp Akademileri Komutanı olduğu sırada Balyoz davası kapsamında tutuklandı ve dört seneyi aşkın zaman yattıktan sonra malum Yargıtay kararı ile beraat etti.
Bilgin Balanlı, beraat ettikten hemen sonra Hürriyet’te yayınlanan röportajında askerlerin yargılandığı Ergenekon, Balyoz ve Askeri Casusluk davaları gibi davaların ABD’nin komplosu olabileceğini, CIA’in de muhtemelen bu işin içinde yer aldığını ve Cemaat’in de kullanıldığını anlattı. Asker içindeki Gülen cemaatini teşhis ettiklerini ve bu davaların 1 Mart tezkeresinin intikamı olabileceğini de söyledi Balanlı.
Ama sözlerinde TSK’daki askeri vesayet konseptiyle ilgili bir özeleştiri yoktu. Röportajı yapan Cansu Çamlıbel de bunu sormuş nitekim. Ama Balanlı darbelerin “hiçbir fayda sağlamadığını” ifade etmekle yetiniyor sadece ve devam ediyor: