Örgütün genel yapılanması, Kâinat İmamı, Kıta (Coğrafi Bölge) İmamları, Ülke İmamları, Eyalet (Bölge) İmamları, İl İmamları, Küçük İl Bölge İmamları (Sadece Büyük Şehirlerde), İlçe İmamları, Semt İmamları, Mahalle İmamları, Ev İmamları olmak üzere hiyerarşik bir şekilde sıralanmaktadır. (Deliller-10 Kls. 10 Nolu Delil)
Örgütün yapılanması ile ilgili eldeki bilgi ve belgelere göre; “yurt içi ve yurt dışı yapılanması” olarak ikiye ayrılmaktadır.
Ülke içindeki yapılanma da devlet daireleri yapılanması ve diğer yapılanma olarak iki türlüdür.
Devlete Paralel Hiyerarşik Yapılanma: Devlet içinde devlet gibi ayrı bir yapılanmaya izin verilemez.
Devletin hiyerarşisi dışında ayrıca bir örgüt, cemaat hiyerarşisinin varlığı kabul edilemez.
Ancak FETÖ'nün, her devlet kurumu ve kamu idaresinin içindeki resmi yöneticiye paralel örgüt tarafından tayin edilmiş imam yöneticileri vardır.