Örgüt, yurt içi yapılanmasını en ufak teferruata bile dikkat edecek şekilde ayrıntılı planlanlamış, en küçük hücre birimi (ünitesi) olan Talebe (Işık) Evlerine varana kadar hiyerarşik ve çok disiplinli bir yapı oluşturmuştur.
Örgütün merkezi Türkiye olup tüm organizasyonlar Türkiye üzerinden koordine edilmektedir.
Son dönemlerde ise ülke genelinde yapılan operasyonlarla birlikte merkezden yapılan yönlendirmeler, tedbir amaçlı yurt dışına kaydırılıp buradan takip edilmeye başlanmıştır.
Örgüt, kuruluşundan bugüne kadar dikey bir yapılanmayı benimsemiştir.
İlk etapta ülke genelindeki yapılanma beş ana bölge üzerine kurulmuştur.
İlk dönemlerde özellikle Doğu ve Karadeniz Bölgesinde çok etkin faaliyet yürütememiştir.