Anadolu’ya gelen ilk Protestan misyonerler Amerikalıdır. 19. Yüzyıl’ın başlarında gelmeye başlayan bu misyonerler kurdukları ‘misyon’ların yanısıra çeşitli seviyelerde okullarını da açarlar. Bunlardan istenen şey, öncelikle gittikleri yerlerde halkın arasına karışarak bilgi sahibi olmalarıydı. Bir başka görev ise “...Mukaddes ve Vaadedilmiş Topraklar’ın silahsız bir Haçlı seferiyle geri alınmasını sağlamak” için gerekli çalışmaların yapılmasıydı… Bu derece örgütlü ve planlı bir
faaliyet sonucunda hem mezheplerini yayıyorlar hem de azınlıkları etkileyerek onların Osmanlı’dan kopmalarına yardımcı oluyorlardı.
Bu alanda en önemli Protestan kolejleri İstanbul ve Beyrut gibi merkezlerde açıldı. Bunlar arasında 1863’te İstanbul’da Cyrus Hamlin isimli bir misyonerin açtığı Robert Koleji anılmaya değerdir. Kurucuları, yöneticileri ve çoğu öğretim elemanı misyonerlerden oluşan bu kolejin 1863-1903 tarihleri arasındaki mezunlarının çoğunu Bulgar öğrenciler oluşturuyordu. Amerikan misyonerlerinin İstanbul’ da kurduğu Robert Koleji’nin Bulgarlar için üstlendiği görevi, Beyrut’ta açılan Protestan Koleji de Arapları bilinçlendirerek Osmanlı’dan koparmada yerine getirdiği görülür…
Avrupa ve Amerikan kamuoyunu Türkiye aleyhine çevirmek için kendi tahrikleriyle çıkan ayaklanmaların bastırılmasını “Türkler Hristiyan ahâliyi kesiyor!” propagandalarıyla etkileyerek, Batı dünyasını Osmanlı Devleti aleyhine tavır almak üzere harekete geçirmeye çalışmışlardır. İyi yetiştirilmiş Ermeniler ABD’ye götürülüyor ve çoğu Amerikan vatandaşlığına geçtikten sonra Osmanlı topraklarına geri dönüyorlardı. Böylece dokunulmazlık zırhına büründükten sonra Ermeniler için özgürlük propagandası yaparak onlar lehine reformlar
istiyorlardı. 1914 yılına kadar 60 bini aşkın Ermeni’nin ABD’ye göç ettiği tahmin edilmektedir…
Ermeni ve Bulgarlara yönelik çalışmalar, aynı zamanda Rum, Hristiyan Arap, Nasturi, Süryani ve Yahudiler üzerinde de yürütülüyordu…