Cengiz İmparatorluğu’nun dağılmasından sonra Karadeniz’in kuzeyinde Altınorda Devleti kuruldu. Bu devlet, Rusları da egemenliği altına almıştı. Fakat Timur Devleti ile yaptığı savaşlar sonucu zayıfladı ve ardından yıkıldı. Altınorda Devleti yıkılınca toprakları üzerinde Kazan, Astrahan, Kırım, Nogay ve Sibirya Hanlıkları kuruldu. Altınorda Devleti’nin yıkılmasından sonra Moskova ve civarlarına egemen olan Rus Knezliği de bağımsızlığını elde etmiştir.
Rusya, Orta Asya’ya egemen olmak için, XVI. yüzyıldan XIX. yüzyılın sonlarına kadar sürekli saldırılar düzenlemiştir. Ruslar, Türk Hanlıklarının iç mücadelelerinden yararlanarak 1552 yılında Kazan’ı işgal etmesiyle başlayıp, 1556 yılında Astrahan’ı, 1865’te Taşkent’i ve 1881 yılında Türkmenistan’ı ele geçirmesi ile hızlanan Orta Asya’da yayılma süreci 1979 yılına kadar sürdü.
Ruslar, bölgedeki egemenliklerini sağlamlaştırmak için Ruslaştırma, Ortodokslaştırma, kültürel değişim ve yönetim alanında bölme politikalarını izlediler. Türk bölgelerine Rus asker ve ailelerini yerleştirerek nüfus dengesini bozdular. Rusların bu baskısı sonucu 1916 yılında Türklerde özgürlük ve bağımsızlık fikri ortaya çıktı.
1917-1935 yılları, Rusya’da devrimin yaşandığı ve Türkistan Türklerinin Ruslara karşı direnişe geçmeye başladığı yıllardır. Rusya’nın Birinci Dünya Savaşı’nda Türkleri orduya almak istemesi üzerine Temmuz 1916 yılında “Çar ve Ruslar defolun, Müslümanlara hürriyet” sloganı ile Millî İstiklal Ayaklanması başladı.
Bolşevikler, Lenin önderliğinde Çarlık rejimini yıkıp yerine Komünist bir rejim kurdular. Lenin’in Türkistan siyasetinin temeli “böl, yönet” şeklinde özetlenebilir. 22 Kasım 1917 yılında Taşkent’i alan Sovyetler, bölgede Türkistan Sovyet Komiserliğini kurdular. 1918’de Türkistan otonom Sovyet Sosyalist Cumhuriyet Anayasası kabul edildi. 1920 yılında bölge tamamen Sovyetlerin eline geçmiş oldu.
Türkistan’da Alaş Ordacılar, Ceditçiler ve Reformcu aydınlar harekete geçtiler. 1916 yılında başlayan ve 1918 yılında Fergana Vadisi’ne yayılan isyan Basmacı komutanlarından Şir Muhammed Beg: “Türkistan Türkistanlılarındır. Türkistan’dan yabancı boyunduruğunu kovacağız” sloganıyla bir Türkistan Millî Mücadelesine dönüştü. Bu millî mücadele Harezm, Buhara ve Fergana bölgeleri olmak üzere üç merkezden yürütüldü.