Fatih Sultan Mehmed, İstanbul'u fethetmek üzere Edirne'den yola çıkarken hocası Akşemseddin de onunla birliktedir. Kuşatmanın sıkıntılı anlarında gerek sultanın gerekse ordunun moralini yüksek tutma rolünü üstlenmiştir. Denilir ki Akşemseddin hazretlerinin manevi liderliğinde fetih gerçekleşmiştir. Hatta yine bilindiği üzere, İslam ordularıyla Hicret'in ellinci senesinde buraya gelerek surların dibinde şehit düşen sahabeden Eyüp El Ensari'nin kabrinin bulunduğu yeri de Akşemseddin manevi bir işaretle tespit etmiştir.
Fetihle birlikte zafer alayı şehre girdiğinde sultanın yanında asker ve sivil devlet adamlarının yanı sıra Molla Gürani, Molla Hüsrev, Akşeyh ve Akbıyık Sultan gibi bilim ve tasavvuf dünyasının ünlü kişileri de vardır. Şehrin sakinlerinden olan Bizans kızları, ellerindeki Çiçekleri vermek üzere sultan zannettikleri Akşemseddin'e doğru yönelirler. Hazret, Sultan Mehmet'i işaret ederek çiçeklerin ona verilmesini ister. Bunun üzerine Fatih Sultan Mehmed, “çiçekleri ona verin, o benim hocamdır” diyerek saygısını burada da gösterir. (Menakıb-ı Akşemseddin adlı eserden, haz: B. Aktan, M.Güneş, H yayınları)