Yavuz Sultan Selim zamanında Mısır ve daha pek çok Arap ülkesi Devlet-i Aliyye’ye dâhil olunca Osmanlı medreselerinde oraların halkı için de kadı, beylerbeyi gibi bürokratların yetiştirilmesi gerekiyordu.
Osmanlı inanca çok değer verirdi, inancın hayatın kanunu olduğunun şuurundaydı; onlara göre yönetenler, idaresi altındaki tebaanın itikatlarını bilmeliydiler. Aksi takdirde yöneticiler bilmeyerek de olsa zulmetmiş olurlardı. Dolayısıyla Osmanlı medreselerinde ikisi de hak olan Maturidilik ve Eş’arilik yan yana okutulmaya başlandı. Adı konmasa da zaman içinde giderek Eş’ari zihniyetinin Osmanlı medreselerinde hâkim olduğunu müşahede ediyoruz. İnsanın fıtratında kolayı tercih etmek vardır; matematik, fizik, kimya gibi müspet bilimler müderris ve mollalara zor geliyordu. İlim sevabı vermiyorlar gerekçesiyle Osmanlı medreselerinden atıldılar. İslam âleminin merkezi İstanbul’du; buradaki telakkiler İslam dünyasına hâkim oluyordu. Zaten Maveraünnehir’deki Müslümanlar boyculuk telakkisiyle birbirlerine girmişler, kalabalık Rusların pençesine düşmüşlerdi. İslam dünyasının gelişmesi Osmanlı’nın omuzlarında kalmıştı. Onun da medreseleri müspet bilimlere sırt dönünce, Osmanlı’daki teknik gelişme de durdu. Böylece dramatik dönemimiz başladı, savaşların getirdiği yıkımlar Batı ile aramızın açılmasını hızlandırdı.
Endülüs’te okuyan Avrupalılarla, Kuzey Afrika ile sürdürülen temaslarla, İstanbul’un fethinden sonra Konstantinopolis’ten İtalya’ya göç eden Bizanslı âlimlerin gayretiyle Batı’da müspet bilimler gelişmeye başladı. Müspet bilimler geliştikçe, mukaddes kitaplarında insanlığın geçmişiyle ve fizik kanunlarıyla ilgili birçok yanlış bilginin bulunduğunu anladılar; bu da mukaddes kitaplarına inançlarını zaafa uğrattı. Böylece dünyanın bu sisli bölgesinde Ortaçağ’da din ile müspet bilimin kavgası başladı. Kanlı mücadelelerden sonra müspet bilimler galip gelince, kilise kendi kabuğuna çekildi; Batılı aydınların nezdinde Hıristiyanlık inanç boyutunu yitirdi; kültür unsuruna dönüştü. Hür tefekküre kavuşan Batılılar adeta müspet bilimleri kutsallaştırdılar. Bunlar geliştikçe dinin hayattaki önemi azaldı. Tabii bu müspet bilimler tekniğe yansıdı; Osmanlı’ya, yani Müslümanlara karşı galip gelmeleri de onların nezdinde müspet bilimlerin cazibesini artırdı.
Osmanlı, geçmişteki parlak günlerini yeniden ele geçirmek için büyük gayret sarf etti; ilk baştan biricik emeli ‘Kanun-ı Kadim’e dönmekti. Bu hasretle nice fermanlar yazdılar, sayısız kelleler uçurdular; ne yazık ki bir türlü ‘Kanun-ı Kadim’e işlerlik kazandıramadılar. Ordularımızın yenilgisi devam ediyor, şartlarımız giderek daha da dramatikleşiyordu. Yöneticilerimiz Batılılaşmamızın tek çare olduğu kanaatine vardılar. Batı’nın bilimini almak için o diyara elçiler, öğrenciler gönderdiler. Bir medeniyeti analiz etmek, ona güç veren unsurları tespit etmek zannedildiği kadar kolay değildi. Yaşantı tarzları ise göz önündeydi, arka planını araştırmanın lüzumunu duymadılar. Aramızdaki farklılıktan her şeyin kaynaklandığını zannettiler. Batı’nın hayat biçimini benimsemek için inkılâplara başladık. Tabii bu arada medreselerimizde müspet bilimlerden eser kalmayınca, dünyayı idrak etmek yeteneğimiz iyice sakatlandı; ister istemez Kuran’a ve hadis yorumlarına hurafeler karışmaya başladı. O canım medreselerde zamanla ‘Sinek pisliğinin değdiği ipliği gömersek nane çıkar’ veya ‘Sansar derisinin gömüldüğü köye yıldırım düşmez’ ve benzeri hezeyanlar yazılmaya başladı. Medreselerde anlatılanlar, yazılanlar, Avrupa’ya gönderilenlerde, Batılı zihniyetle açılan okullarda yetişenlerde, medeniyetlerine ve inançlarına dair çok ciddi şüphelerin oluşmasına sebep oldu. Onlar bu hususların kişilerin hezeyanları değil de, Kuran’da, hadislerde yani İslam’ın esasında bulunduğunu zannettiler. Fikir dünyamızda kavga başladı. Devletimizi yönetenler, aydınlar yenilgilerimizin önüne geçmek, milletimizi kurtarmak istiyorlardı. Halk, değerlerinden kopmak istemiyor, aydınlarla geniş zümreler karşı karşıya geliyordu.