Silahlı Kuvvetler’in yaşadığı sorunların ana nedeni, kendi iç sistemini istihbarat anlamında denetleyememesinden kaynaklanmaktadır. İçine sızan grupları ve herhangi bir menfaat grubuyla ortak hareket eden asker kişileri bulmakta neredeyse eli kolu bağlı bir şekildedir.
Şüphelenilen asker kişileri ya kendi komutanları vasıtasıyla ya da MİT gibi birimler vasıtasıyla takip altına almaya çalışmaktadır. Bu iki yolun da kendi içindeki kısıtlar nedeniyle başarılı sonuçlar vermesi mümkün görülmemektedir. Sicil amirleri vasıtasıyla takip altında tutulmaya çalışılan şüpheli kişiler amirlerinin istihbarat anlamında yetersizliği nedeniyle asla deşifre edilememektedir.
Silahlı Kuvvetler’de bir birim hariç diğer bütün asker kişiler saha istihbaratı ve askeri istihbarat anlamında eğitim almakta bu da kişi takibinde hiçbir fayda sağlamaktadır. Kendini bu konuda yetiştirmiş olan personel ise yetkisizlik nedeniyle bu takibi yapamamaktadır.
Gelelim MİT gibi kurumların asker kişilerin takibi konusundaki durumuna… Çoğunlukla bu faaliyet asker alma işlemi sırasında yapılan güvenlik soruşturmalarıyla başlamaktadır. Bu da çoğunlukla binlerce kişiyi kapsadığı için kurum için yük bir görev olarak algılanmaktadır. Askeri casusluk veya buna benzer faaliyetlerde ise çoğunlukla tespit, yabancı servis elemanın takibi neticesinde sağlanabilmektedir. MİT’in bu konudaki en büyük problemi TSK içinde muhbir kullanmasını engelleyen mevzuatıdır. Kişiler çoğunlukla sıkıntılı bir süreç içinde takip edilebilmektedir. Bu da FETÖ gibi kripto örgütlerin deşifresini zorlaştırmaktadır.