Bilindiği üzere, KDV iade alacakları vergi dairelerince takip edilen amme alacaklarına, ithalde alınan vergilere, Sosyal Güvenlik Kurumu prim borçlarına mahsup edilebiliyor iken, 7 Seri No.lu KDV Genel Tebliği ile, KDV Genel Uygulama Tebliğinin IV/A-2.1.1. bölümüne “(4760 sayılı ÖTV Kanunu'ndan doğan borçlar hariç)” ibaresi konulmak suretiyle, 04.10.2016 tarihinden itibaren KDV iade alacaklarının ÖTV borçlarına mahsubu imkansız hale getirilmişti.
Bu değişikliğin üzerinden 9 ay bile geçmemiş olmasına rağmen; Maliye Bakanlığı yanlıştan dönerek 22 Haziran 2017 tarihli ve 30104 sayılı Resmi Gazete 'de yayımlanan 13 Seri No'lu Katma Değer Vergisi Genel Uygulama Tebliği'nde Değişiklik Yapılmasına Dair Tebliğ ile KDV Genel Uygulama Tebliğinin (IV/A-2.1.1.) bölümünün birinci paragrafında yer alan (4760 sayılı ÖTV Kanunu'ndan doğan borçlar hariç) ibaresi yürürlükten kaldırılmış, aynı Tebliğin (IV/A-6.) bölümüne dördüncü paragrafından sonra gelmek üzere aşağıdaki paragrafı eklemiştir:
“Öte yandan, iade hakkı tanınan işlemlerden kaynaklanan KDV iade alacağının 4760 sayılı ÖTV Kanunu'ndan doğan borçlara mahsuben iadesi, mükellefin talebine bakılmaksızın münhasıran vergi inceleme raporu sonucuna göre yapılır. Mahsup işlemi, vergi inceleme raporunun vergi dairesi kayıtlarına intikal ettiği tarih itibarıyla yerine getirilir. Talep edilen iade miktarının tamamı için ‘ İTUS (İndirimli Teminat Uygulama Sistemi) sertifikası sahibi mükellefler de dahil ‘ teminat verilmesi halinde mükellefin iade talebi yerine getirilir ve teminat vergi inceleme raporu sonucuna göre çözülür.”