Güney Kaliforniya Üniversitesinde doktora yaptı. Kaliforniya Eyalet Üniversitesinde yardımcı doçent olarak çalışırken burayı bırakıp memleketindeki Zagazig Üniversitesinde çalışmaya başladı.
Bu arada Müslüman Kardeşler’le birlikte siyasette yer aldı. 2000-2005 arasında müstakil milletvekilliği yaptı. 30 Nisan 2011’de Müslüman Kardeşler’in kurmuş oldukları Hürriyet ve Adalet Partisi genel başkanlığına seçildi. 2011 yılında Hüsnü Mübarek aleyhine başlayan hareketlere destek verdi.
25 Ocak 2011 Devriminin ardından 2012’de yapılan genel seçimlerde yüzde 51.73 oyla M. Hüseyn Tantavî’nin yerine ülkenin halk reyi ile seçilmiş ilk Cumhurbaşkanı oldu. 30 Temmuz’da yemin ederek vazifeye başladı. Ayrıca 1 Temmuz 2013’te Bağlantısızlar Hareketi Genel Sekreterliğine seçildi.
Cumhurbaşkanı olunca Suudi Arabistan, Katar, Türkiye, Çin ve Rusya ile Mısır’ın münasebetlerini iyileştirici ziyaret ve görüşmeler yaptı. İran’la da yakınlık kurmak istediyse de halk buna pek iyi bakmadı. Mursi, Suriye’deki Esad rejimine ise bütünüyle karşı çıktı. İsrail Devlet Başkanı Şimon Perez’e aklıselimle hareket edilmesi için diplomatik bir mektup yazdı.