Uğur, “Ergenekon kumpası” kapsamında tutuklandı. 5.5 yıl cezaevinde yatırıldı. Öcalan’ın sorgusunda bulunan istihbaratçı subay Cemal Temizöz de Kayseri Jandarma Alay Komutanlığı döneminde cezaevine tutuldu.
Emekli Albay Hasan Atilla Uğur, şimdi kitap yazıyor, konferanslara katılıyor. Vatan Partisi’nde Genel Başkan Yardımcılığı görevinde bulundu ancak iki yıl önce partiden istifa etti. Siyasetten uzak olmayacağını, ama henüz hangi partide yer alacağına karar vermediğini söylüyor.