İstiklal Mahkemeleri, Kurtuluş Savaşı sırasında ayaklanma çıkaranları, yağmaya girişenleri ve vatana ihanet edenleri yargılamak için özel kanunla kurulan mahkemelerdi.
Özellikle İzmir suikasti ve Şeyh Sait Ayaklanmalarının buna sebep olduğu biliniyor. Fransa'dan örnek alınan bu mahkemelerin kararları ve daha sonra yargıçların yarattığı korkular sebebiyle, İsmet İnönü'nün bile kurulmasında büyük rol oynadığı halde rahatsız olduğu biliniyor.
Kel Ali, Kılıç Ali ve Necip Ali, yani Üç Aliler Divanı. Bir süre sonra Atatürk, bu mahkemelerin anlamını yitirdiğini düşünüyor ve kapatmaya karar veriyor. Malum kişiler gelip diyor ki; "Efendim daha yapılacak çok iş var, sorunlar bitmedi, bırakın işimizi bitirelim!" Baştaki niyetin bambaşka yollara saptığını gördüğü için Atatürk ise kararlı. Gelenlere sesini yükseltiyor ve diyor ki: "Kurduğum gibi kapattım!" Bazen aldığınız kararların, birlikte yol yürümek için tercih ettiğiniz kişilerin yanlış olduğunu anlar ve yolunuza onsuz ya da onlarsız devam etmenin daha doğru olduğunu görürsünüz ve bir başka karar alırsınız.