İcazetnamesini Beyazıd Medresesi’nden almış, Süleymaniye Medresesi’nin büyük müderrislere verdiği Musile-i Süleymaniye payesini kazanmış, 1908’den itibaren Ankara, Bursa’da müderrislik, müftülük yapmıştı. İstiklal Harbi sırasında Milli Mücadele’ye karşı Şeyhülislam Dürrizade’nin fetvasına Ankara Müftüsü olarak karşı fetva yayınlamış, ilk Meclis’e mebus olarak girmişti. Mehmet Rifat Efendi’nin ehliyet ve liyakat sahibi olduğuna şüphe yoktu, sadakatini de göstermişti. O yüzden yeni rejim Erkan-ı Harbiye-i Umumiye Vekaleti ile birlikte Şeriye ve Evkaf Vekaleti’ni (bakanlığını) "Din ve ordunun siyaset cereyanlarıyla alâkadar olması birçok mahzurları davet eder" diyerek başbakanlığa bağlı riyasetlere (başkanlık) çevirdiğinde başına getirilecek en uygun isim oydu. 17 yıllık başkanlığı sırasında Türkçe ezan ve kamete karşı çıkan imamların cezalandırılması talimatının da, kurban, fitre ve zekatların Tayyare Cemiyeti’ne verilmesi fetvasının altında Mehmet Rifat Börekçi’nin imzası vardı. Bu sadakati protokolde üçüncü sırada yer alması ve 1941’de ömrünün sonuna kadar Diyanet İşleri Başkanlığı koltuğunda oturmasıyla ödüllendirildi. Vefatının ardından yerine, İsmet İnönü, 1938’de Dolmabahçe’de “Tanrı Uludur” diye tekbir getirerek Atatürk’ün cenaze namazını kıldıran Ord. Prof. Mehmet Şerafeddin Yaltkaya’yı getirdi. Aynı zamanda müderris olan Yaltkaya, kelam başta olmak üzere İslami ilimlere ve Arap edebiyatına vukufu ile şöhret sahibi ehliyeti ve liyakatı tartışılmaz bir isimdi.